Navigation dans l’enseignement supérieur et la recherche (ESR), en particulier française.

Cette page donne des éléments de réponse aux questions ci-dessous :

• Comment rendre l’accès ouvert à la recherche ?
• Quelle éthique pour la publication ?
• Quelles sont les recommandations collégiales et institutionnelles ?

📰 Ce lundi 12 décembre 2022 est sorti un nouvel avis du comité d’éthique du CNRS, COMETS. Titré « Intégrer les enjeux environnementaux à la conduite de la recherche – Une responsabilité éthique », il fait suite à une saisie du PDG du CNRS, Antoine Petit.

🔎 📃 Bien que l’avis complet d’une trentaine de pages soit disponible à la page du résumé, je me contente ici de mettre en exergue certains passages de ce dernier.

Graph data structure and some algorithms to store succession relationships between DNA fragments. The main example is overlaps between DNA fragments: each overlap corresponds to one oriented DNA fragments that overlaps another oriented one, where the orientation can be the unchanged fragment’s sequence or its reverse-complement.

• 🐍 Python package https://gitlab.com/vepain/pyrevsymg
• 🦀 Rust package public in near future
• 📑 Preprint Overlap Graph for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals

Here is the list of packages I evolved in.

I am a 3^rd year PhD student at Inria Rennes lab’ (FR), at the GenScale team.

I am working on genome assembly and scaffolding. For this purpose, I am implementing graphs’ algorithms and graphs’ structures, and I am formalising these problems thanks to linear programming.