Title: DNA fragment assembly: graph structures and chloroplast genome scaffolding

Abstract

To obtain the nucleotide sequence of a DNA molecule, the molecule is fragmented using sequencing technology and the fragments are assembled. These fragments are called reads. They are subject to sequencing errors and must be considered in two orientations: that of their original DNA strand, or the reverse-complementary for the other strand. Assembly is based on pairwise overlaps between oriented reads and consists of three phases: assembling the reads to obtain contigs (sequences longer than the reads), scaffolding the contigs to obtain scaffolds (orders of oriented contigs), and completing the scaffolds (finding the nucleotide sequences separating the oriented contigs in the scaffolds).

In this thesis, we compare graph structures representing succession relations between oriented DNA sequences, useful at different phases of assembly. Then, we address the scaffolding problem dedicated to chloroplast genomes by proposing a new formulation, an exact resolution and an implementation.

J’ai le plaisir de vous inviter à ma soutenance de thèse qui se tiendra le :

• 🗓️ lundi 27 novembre 2023 ;
• ⌚️ 14:30 ;
• 🗺️ Centre Inria de l’Université de Rennes, salle Métivier.
• 🎥 Lien visioconférence : https://inria.webex.com/meet/victor.epain

📽️ Les retranscriptions de la conférence et de la partie débat/question sont maintenant disponibles sur YouTube !

Le résumé de l’atelier, des ressources et d’autres informations sont disponibles sur le site web dédié : https://atelier-ethique-inria2023.gitlab.io/

À l’initiative de l’association des doctorant·es de Bretagne Nicomaque, nous avons le plaisir de vous inviter à l’Atelier Éthique dans l’Enseignement Supérieur et la Recherche qui se tiendra le 4 juillet, de 15h à 18h (en deux parties) au centre Inria de l’Université de Rennes.

Ouvert à tou·te·s, la participation à cet atelier est reconnu comme formation à l’éthique et à l’intégrité scientifique par le Collège doctoral de Bretagne (inscription pour les doctorant·es exclusivement sur Amethis). Les non doctorant·es peuvent s’inscrire en présence sur le lien billet web. Sinon, vous pouvez participer à la visioconférence.

Les liens et le détail de l’évènement se trouvent sur le site : https://atelier-ethique-inria2023.gitlab.io/

🗓️ Le 04 juillet 2023

⌚️ 15:00 à 16:30 (conférence), 17:00 à 18:00 (débat)

🗺️ Centre Inria de l’Université de Rennes

Chloroplast genome scaffolding toolkit.

Navigation dans l’enseignement supérieur et la recherche (ESR), en particulier française.

Cette page donne des éléments de réponse aux questions ci-dessous :

• Comment rendre l’accès ouvert à la recherche ?
• Quelle éthique pour la publication ?
• Quelles sont les recommandations collégiales et institutionnelles ?

📰 Ce lundi 12 décembre 2022 est sorti un nouvel avis du comité d’éthique du CNRS, COMETS. Titré « Intégrer les enjeux environnementaux à la conduite de la recherche – Une responsabilité éthique », il fait suite à une saisie du PDG du CNRS, Antoine Petit.

🔎 📃 Bien que l’avis complet d’une trentaine de pages soit disponible à la page du résumé, je me contente ici de mettre en exergue certains passages de ce dernier.

Graph data structure and some algorithms to store succession relationships between DNA fragments.

The main example is overlaps between DNA fragments: each overlap corresponds to one oriented DNA fragments that overlaps another oriented one, where the orientation can be the unchanged fragment’s sequence or its reverse-complement.

Here is the list of packages I evolved in.