Graph data structure and some algorithms to store succession relationships between DNA fragments.
The main example is overlaps between DNA fragments: each overlap corresponds to one oriented DNA fragments that overlaps another oriented one, where the orientation can be the unchanged fragment’s sequence or its reverse-complement.
Ci-suit la liste des logiciels dans lesquels je suis impliqué.
Je suis un doctorant de 3ème année au laboratoire Inria de l’Université de Rennes (FR), dans l’équipe GenScale.
Je travaille actuellement sur l’assemblage de génome et du scaffolding. Pour résoudre ces problématiques, j’implémente des algorithmes sur des structures de graphes, et je formalise ces problèmes grâce à la programmation linéaire.